除了惊喜的阵容，《黑衣人：全球追缉》的故事也全面升级。间隔东京三百千米外的凤凰岛上，产生了一路职员被马匹踩踏而死的事务，谁知却让杉下右京（水谷丰 饰）的老同伴神户尊（及川光博 饰）找上门来。本来这座私家小岛正供给给有自卫队布景的某平易近兵组织作为练习基地，而该组织仿佛涉嫌制造生化兵器。神户受差人厅次长甲斐峰秋（石坂浩二 饰）指派，号令杉下与同伴甲斐享（成宫宽贵 饰）以查询拜访命案的名义前去凤凰岛，黑暗侦察生化兵器的证据。特命系二人组在平易近兵组织负责人神室司（伊原刚志 饰）的指导下来到变乱现场，而杉下则发觉到这起不测背后仿佛有着某种报酬的身分存在。